1.分子蒸馏的操作温度远低于物料的沸点，由分子蒸馏原理得知，混合物的分离是由于不同各类的分子逸出液面的平均自由程不同的性质来实现的，并不需要沸腾，所以分子蒸馏是在远低于沸点的温度下进行操作的。这点与常规蒸馏有本质的区别。
2.受热时间短 由分子蒸馏原理知，受加热的液面与冷凝面间的距离要求轻分子的培元自由程，而由液面逸出的轻分子，几乎未经碰撞就到达冷凝面，所以受热时间很短。另外，混合液体呈薄膜状，使液面与加热面的面积几乎相等，这样物料在蒸馏中受热时间就变得更短。对真空蒸馏而言，受热时间为1h，而短程蒸馏（分子蒸馏）仅为十几秒。
分子蒸馏的特点决定了它在实际应用中较传统技术有明显的优势。由于分子蒸馏真粉蓝度高，操作温度低和受热时间短，对于高沸点和热敏性及易氧化物料的分离，有常规方法不可比拟的优点，能极好地保证物料的天然品质。可被广泛应用于天然物质的提取。
分子蒸馏不仅能有效地去除液体中低分子物质，如有机溶剂、臭味等，而且有选择地蒸出目的产物，去除其他杂质，因此被视为天然品质的保持者和回归者。
分子蒸馏能实现传统分离方法实现的物理过程，因此，在一些高价值物料的分离上被广泛用作脱臭、脱色及提纯的手段。
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